hsa-miR-17-92cluster及其同源体的生物信息学分析

来源 :第九届长三角科技论坛暨营养科技论坛 | 被引量 : 0次 | 上传用户:mxyyd
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  目的:对hsa-miR-17-92 cluster及其同源体进行系统的生物信息学分析,预测其可能参与的生物学过程,为深入研究其在脂肪细胞分化、肥胖发生等过程中的功能与机制奠定基础。方法:①应用Pubmed、Google等信息搜索工具查找hsa-miR-17-92 cluster及其同源体的所有研究,综述已有研究进展;②应用miRBase获取hsa-miR-17-92 cluster及其同源体的各成员序列,并分析其序列特征及保守性;③应用NCBI blast、NCBI mapviewer、UCSC Browser工具分析hsa-miR-17-92cluster及其同源体的所在基因组序列特征;④应用TargetScan,PicTar及miRanda预测hsa-miR-17-92 cluster及其同源体的靶基因,取三者预测结果的交集,进一步进行功能注释(Gene Ontology)和Pathway富集分析(Pathway Enrichment)。结果:①现有研究提示hsa-miR-17-92cluster及其同源体在脂肪细胞分化、肿瘤、心脏及肺发育、免疫系统和血管形成等生物学过程具有重要作用;②hsa-miR-17-92 cluster及其同源体进化上高度保守,根据种子序列同源性可分为四类,且在多物种间非常保守;③hsa-miR-17-92 cluster及其同源体的预测靶基因的功能,与细胞周期、细胞粘附、Wnt、TGF-β信号、P53、MAPK等信号通路具有较大的相关性,可能参与了前列腺癌、胰腺癌、结肠癌等多种疾病通路。结论:通过对hsa-miR-17-92 cluster及其同源体系统的生物信息学分析,我们初步阐明了miR-17-92 cluster及其同源体的基本生物学特征,并为miR-17-92 cluster后续研究提供了功能与机制的线索。
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