随着社会的进步,青海省农牧区生产责任制全面实行草场、牲畜承包到户,畜牧业生产经营由计划经济体制管理模式转向市场经济.由于牛皮蝇蛆病的防治一时难以适应市场经济体制管理的模式；加之国家对防治经费大幅削减；各级政府向群众征集防治经费发生困难等原因,从1994年开始,防治工作出现滑坡,1997年和1998年防治头数仅为1987年的38.82％和39.89％.尤其是1996年国家从环保的理念出发,向人民群众提供健康的肉食品和畜产品为目的,果断地决定倍硫磷等有机磷杀虫剂停止使用于家畜,至使部分地区牛皮蝇蛆感染出现抬头.据在天峻、刚察、玛沁、泽库、河南、称多、玉树、曲麻莱、达日、久治、杂多、囊谦、班玛等县调查,未防治的幼年牛感染率和平均感染强度恢复到防治前的水平.其中,囊谦县当年犊牛的感染率达100％,平均感染强度达36.27个,范围5-327个.河南县适龄母牛感染率达86.17％,平均感染强度达7.92个.班玛县调查牛只感染率为80.56％,平均感染强度为11.27个.据调查这些地区由于牦牛牛皮蝇蛆的感染,引起牛只精神沉郁、乏力、幼龄牛出现“痴呆”的神经症状,并引起幼年牛发育受阻,春乏季节造成死亡,并直接影响畜产品的产量和质量.牛皮蝇蛆病的抬头,引起了省农牧厅和各级动物疫病防治部门的重视.在新时期,通过市场经济杠杆的作用又开始了新的防治工作.