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菜豆壳球孢[Macrophomina phaseolina(Tassi)Goid]是一种全球分布的植物病原真菌,可以侵染500多种植物,并导致炭腐病的发生。菜豆壳球孢侵染芝麻一般造成10%～20%的减产,籽粒含油量下降4.2%～12.6%,严重时造成80%以上的产量损失。我们对12个菌株进行宏转录组测序,调查菜豆壳球孢真菌病毒的多样性。测序数据通过NCBI数据库的比对,共获得73个假定病毒序列。依据每条假定病毒序列的保守结构域(RdRp)设计了73对特异性引物,对12个菌株进行RT-PCR检测,鉴定了每个菌株携带的真菌病毒数量和种类。通过系统进化树分析鉴定了每个病毒序列的分类地位,结果表明:12个菌株携带了23个不同的真菌病毒,其中22个真菌病毒是未报道的新病毒,分别属于12个不同的世系,包括Totiviridae(dsRNA)、Chrysoviridae(dsRNA)、Endornaviridae(dsRNA)、Partitiviridae(dsRNA)、Mononegavirales(-ssRNA)、Virgaviridae(+ssRNA)、Narnaviridae(+ssRNA)、Potyviridae(+ssRNA)、Bromoviridae(+ssRNA)、Ourmiavirus(+ssRNA)、Umbravirus(+ssRNA)和一个未分类的dsRNA病毒。有6个真菌病毒属于Toti-、Endorna-和Partititiviridae病毒科,这些病毒科还没有报道过菜豆壳球孢真菌病毒。此外有3个真菌病毒属于Rhabdo-、Poty-和Bromoviridae,这是该病毒科首次报道的真菌病毒,而这些病毒科成员只侵染脊椎动物和植物。最近报道的在北美大豆上分离的菜豆壳球孢中发现了14个菜豆壳球孢真菌病毒,分别属于Bunyaviridae、Hypoviridae、Narnaviridae、Virgaviridae、Tombusviridae和Chrysoviridae这6个不同的世系。在本研究的供试菌株中也鉴定到Macrophominaphaseolina tobamo-like virus 1 a(MpTLV1 a),表明MpTLV1 a在菜豆壳球孢中的分布非常广泛。我们的研究结果揭示了菜豆壳球孢真菌病毒存在着丰富的多样性,也证明了菜豆壳球孢真菌病毒的种类在不同寄主中也存在着巨大的差异。