【摘 要】
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利用MISA软件对双须骨舌鱼性腺转录组测序获得的188461条Unigene进行SSR检测,结果在11917个Unigene中共检测到SSR位点12578个,其中包含2个及以上SSR位点的Unigene有633个。SS
【机 构】
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农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室珠江水产研究所中国水产科学研究院; 上海海洋大学水产与生命学院;
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利用MISA软件对双须骨舌鱼性腺转录组测序获得的188461条Unigene进行SSR检测,结果在11917个Unigene中共检测到SSR位点12578个,其中包含2个及以上SSR位点的Unigene有633个。SSR的发生频率为6.32%,平均分布距离为9949bp。在筛选到的SSR位点中,优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸,其中二核苷酸重复基序数量最多,占总数的50.52%。重复基元类型共216种,其中数量最多的类型为二核苷酸重复AC/GT,占总数的20.66%。从所有筛选出的SSR位点中随机选取50个位点并运用Primer Premier 5.0设计引物,共有25对引物成功扩增出特异性产物,并且均在同科的美丽硬仆骨舌鱼的三个亚种中通用。结果表明转录组测序产生的EST序列是开发SSR标记的有效来源,开发所得EST-SSR引物可用于双须骨舌鱼及其近缘物种遗传分析、遗传图谱构建以及分子标记辅助育种等工作中。
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