隐孢子虫（Cryptosporidium spp.）可感染多种脊椎动物。2006年至2009年，应用Sheather’s蔗糖漂浮法（Sheather’s sucrose flotation protocol）和改良抗酸染色法（modified acid-fast stain）对上海市9个郊区/县的12个猪场进行了猪隐孢子虫病流行情况调查，共检测2323份粪样，结果阳性800份，感染率达34.4％。所有12个猪场全部发现存在隐孢子虫感染，其感染率在14.1%~90.6%之间，存在显著差异（χ2=218.1, p<0.01），对一个阳性猪场连续13个月的追踪调查发现，冬季和春季猪的隐孢子虫感染率最高，秋季次之，夏季最低。不同日龄猪感染情况调查表明，2月龄以内的幼龄仔猪隐孢子虫感染多发，其中10~19日龄仔猪隐孢子虫感染率相对较低，随着日龄的增长，隐孢子虫感染率迅速增高，在30~39日龄达到最高峰，此后，随着仔猪日龄的增长，隐孢子虫感染率开始逐渐下降，90~180日龄未发现隐孢子虫感染。通过对部分阳性样品中隐孢子虫核糖体小亚基RNA（small subunit ribosomal RNA, SSU rRNA）基因部分序列的PCR-RFLP和序列系统分析发现，上海郊区猪感染的是猪隐孢子虫（Cryptosporidium suis）（占82.6%）、隐孢子虫猪基因型Ⅱ（Cryptosporidium pig genotype Ⅱ）（占8.7%）及上述两个种型的混合感染（占8.7%）。本研究丰富了猪隐孢子虫病流行病学研究资料，也为制定公共卫生综合防治策略提供了依据。