本研究选取近15年来黄河流域棉区育成的品种（品系），以及部分早期国内外具有代表性的品种资源，共144份材料用作资源评价和遗传多样性的分析。包括43份非转基因种质材料，101份转基因种质材料。2009－2010年在盐湖区和夏县设置3个常年发病试验地中点进行性状考察鉴定。在所有资源材料中，枯萎病抗源材料较多，能够满足抗枯萎病育种的要求，而黄萎病抗源材料比较匮乏，因此，对于黄萎病的抗源材料的挖掘仍是棉花抗病育种的重要方向。产量及其构成因素性状表现为数量性状连续分布的特点，各性状具有较广泛的变异范围。在近年来育成的品种资源材料中，比强度、整齐度及麦克隆值都能够满足育种和生产需求，但缺乏超长纤维的品种材料。转基因棉花种质为近15年来育成，其遗传多样性较早期育成的非转基因棉花种质低。国内外研究均表明棉属间遗传多样性高，陆地棉品种间遗传多样性水平低并且遗传基础狭窄。