基于蛋白质卷曲库改进OPLS-AA分子力场

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【摘要】

：

<正>当前用于蛋白质模拟的分子力场会给出不同的二级结构偏好1,并与实验结果有偏离2。这个问题需要通过优化骨架φ,ψ二面角参数来解决。最近,Best等人3和Shaw等人4基于聚丙

【作者】

：

蒋帆周晨阳吴云东

【机构】

：

北京大学深圳研究生院化学生物学与生物技术学院; 北京大学化学与分子工程学院;

【发表日期】

：

2004年期

【关键词】

：

分子力场局部构象偏好卷曲库蛋白质折叠

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<正>当前用于蛋白质模拟的分子力场会给出不同的二级结构偏好1,并与实验结果有偏离2。这个问题需要通过优化骨架φ,ψ二面角参数来解决。最近,Best等人3和Shaw等人4基于聚丙氨酸短肽的溶液实验结果,分别优化了AMBER力场和CHARMM力场的骨架二面角。然而,这些工作没有考虑不同氨基酸之间的差别。与此不同,我

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