西洋参为五加科人参属名贵药材，世界年需求量约3600吨，贸易额达4000万美元，临床和保健的市场经济价值巨大，其化学、药理、栽培等研究较多，但功能基因的研究尚未见报道。本文采用表达序列标签(EST)技术开展西洋参功能基因挖掘的研究，成功地建立了四年生西洋参根的EST文库，通过BLAST与Gene Ontology分析获得与人参皂甙生物合成相关的基因序列11个，这些基因的发现为进一步克隆基因全长、研究基因功能及其开发利用、改良西洋参品质提供了依据。 通过对EST文库功能分析，发现了6个与生长素调节生长发育相关的基因，表明生长素在西洋参根的生长发育过程中起重要调控作用，为研究西洋参生长缓慢的分子机制奠定了基础。另获得与水分胁迫相关的基因7个，与编码抗氧化酶相关的基因6个，均与西洋参对环境胁迫的响应有密切关系，在西洋参适应环境的过程中起重要的分子应答作用。而且，从西洋参根的EST文库获得抗病基因12个，这些基因编码的蛋白与植物防御病原入侵相关。此外，对EST文库功能分析表明，62个EST可能是其他物种尚未报道的新基因。可见，EST技术作为功能基因组研究的重要手段可在西洋参功能基因的开发与研究中发挥重要作用，在分子水平上对西洋参优良品种的培育也具有极其重要的理论和现实意义。