高通量SDS-PAGE/Western blot结合光交联扫描揭示体内ATP合酶的动态结构

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SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳/蛋白质免疫印迹(SDS-PAGE/Western blot)是现代生物学研究细胞内蛋白质事件的基础分析手段。利用该手段,配合丰富的遗传突变库,可以通过检测蛋白水平或蛋白修饰等情况进行筛选,系统揭示出生命过程中蛋白水平上的分子机制。然而目前通用的SDS-PAGE/Western blot技术通量低,耗时长,严重制约了该手段进行大规模筛选应用的可行性。因此我们通过改变电泳形式,优化电泳缓冲体系,在提高分辨率的同时增加单位面积可分离样品数,实现了SDS-PAGE/Western blot的高通量化(单次可平行分析几百个样品)。为了探究活细胞内蛋白复合物的动态结构变化,针对细菌ATP合酶,构建了ε亚基可进行活细胞内光交联的的非天然氨基酸突变库,应用高通量SDS-PAGE/Western blot手段,对ε亚基在各种生理条件下与其它亚基的动态相互作用进行观察,描绘出响应不同能量水平的、具有氨基酸水平分辨率的ATP合酶的动态结构。
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