结核病是由结核分枝杆菌感染引起的一类疾病。结核分支杆菌H37Rv的基因序列研究至今已经有十几年了,但是我们对该病原体的生物学特征仍知之不多。结核分支杆菌菌株基因组序列的研究为比较基因组学的应用及了解结核分支杆菌病原体的结构功能提供良好的契机。比较基因组学通过分析揭示不同结核分枝杆菌菌株的差异区域,对结核分枝杆菌基因组中的基因进行比较分析,确定新型的有潜力的结核分支杆菌抗原用于诊断或开发亚单位疫苗,最鼓舞人心的是比较基因组学研究具有开发新型药物的潜能。有效的药物研发对缩短耐多药结核病的疗程非常重要,特别是找到结核分支杆菌准确的作用位点。结核分枝杆菌是一种细胞内的病原体,主要居住在单核吞噬细胞内。结核分支杆菌在体内的生存在于其有能力对抗宿主的防御机制,包括主动抑制感染宿主细胞凋亡的能力。通过了解结核分支杆菌免疫逃逸机制的关键因素,从而为结核分枝杆菌疫苗的研发提供一种新方法。以PCR技术为基础的结核分枝杆菌区域靶位已经被证实有用,这项技术需要发展。本文旨在阐述结核分枝杆菌的基因组特征,论述其比较基因组学的研究进展及应用。