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目的：对常用中药当归及其混伪品进行分子鉴定，以确保该药材的质量及临床安全用药.方法：对ITS2序列进行PCR扩增，并将纯化后的PCR产物进行双向测序，运用CodonCode Aligner拼接后，基于HMMer注释方法去掉两端的5.8S区和28S区获得ITS2条形码，用MEGA5.0软件进行相关数据分析，构建NJ树.结果：当归与其混伪品ITS2条形码间存在明显差异，基于ITS2条形码构建的NJ树能够将当归及其混伪品区分开.结论：ITS2条形码可有效地鉴别中药当归及其混伪品，为保证其临床用药安全提供了新的技术手段.