【目的】硒是动物和人体必需的微量元素,并且硒的缺乏能够引起心脏病等疾病,而硒过量摄入也会导致硒中毒。虽然世界上很多地方土壤表现为缺硒,但由于自然和人为活动导致的硒过量在一些地方依然是很严重的问题。富硒水稻的生产是补充人体所需硒营养的一种重要途径,而干旱且富硒地区的农业灌溉容易造成硒的污染,所以清楚了解水稻在硒污染土壤上的富硒机制显得意义重大。【方法】通过全生育期水稻硒肥盆栽实验,土壤施加硒0,1.25,5,20 mg/kg,采用16S rRNA高通量测序及微生物培养计数分析了土壤微生物多样性及数量,同时还测定了土壤pH、Eh和硒的化学形态。【结果】研究发现,随着硒施加量的增加,微生物多样性在增加,且在5 mg/kg时达到最大,而当硒浓度为20 mg/kg时,微生物多样性显著低于对照。水稻根际微生物主要以Desulfobulbaceae_unclassified(3.77%~22.2%)存在,且在高硒处理(20 mg/kg)条件下丰度最大,为对照的267.11%。随着硒处理浓度的增加,Leptonema丰度在增加,但在高硒处理时为0。施加合适浓度的外源硒(1.25~5 mg/kg)能够显著提高土壤中细菌和真菌数量,而高浓度硒处理则抑制了土壤细菌和真菌数量的增加,各处理放线菌数量之间没有显著差异。随着硒处理浓度的增加,土壤有效硒含量在增加,但大多数硒容易被有机物-硫化物结合以及转化成元素态。低浓度硒处理土壤pH显著高于对照,而高硒处理与对照无差异;低浓度硒处理土壤Eh显著低于对照,而高硒处理与对照无差异。【结论】高硒处理抑制了水稻土壤微生物多样性和丰度。土壤微生物能够影响土壤硒的生物有效性,并且Desulfobulbaceae_unclassified和Leptonema这两种菌很可能参与了土壤硒的转化调控。