【研究背景】大豆是中国重要粮食作物之一,已有五千年栽培历史,是豆类植物中营养价值较高的作物,富含大量人体必需的氨基酸。大豆氨基酸组成与牛奶蛋白质相近,除蛋氨酸略低外,其余必需氨基酸含量均较丰富,并且具有很高的营养价值。大豆氨基酸含量是由多个基因控制的重要的数量性状。目前,国内外众多学者已经定位到许多与氨基酸相关的QTL。虽有大豆籽粒蛋白含量QTL研宄报道,但关于大豆籽粒氨基酸含量QTL定位及候选基因发掘报道甚少。共线性对于建立基因之间的关系桥梁具有重要作用,因此对大豆氨基酸相关QTL进行共线性分析具有重要意义。【材料与方法】因此,本研究利用MCScanX和大豆基因组信息构建共线性区块,结合应用Perl、Cytoscapet等生物信息学工具来研究QTL的共线性,解析这些氨基酸QTL的进化关系;同时建立大豆氨基酸含量QTL的全基因组进化信息以及对应关系。对结果进行共线性分析以及筛选出热点区域进行基因注释等。【结果与分析】本研究对经过筛选处理后得到的18种氨基酸的222个有效QTL进行共线性分析,共得出193个分析结果。其中共有10种氨基酸的147个氨基酸含量QTL存在共线关系;这147个QTL共得出一个复杂共线性网络A和五个简单共线性网络B、C、D、E、F。其中共线性网络A包含110个QTL,主要为甘氨酸（Gly）QTL,主要集中在连锁群Gm01、Gm07、Gm09、Gm18、Gm19、Gm20上。共线网络B包含11个QTL,主要为半胱氨酸（Cys）QTL,分别集中在连锁群Gm07和Gm13上。共线网络C包含5个QTL,主要为蛋氨酸（Met）QTL,主要分布在Gm07上。共线性D、E、F分别包含4个QTL。其中Seed glycitein 10-1、Seed glycitein 10-2、Seed glycitein 2-7、Seed glycitein 9-9具有较多的共线关系,为热点区域,分别分布在Gm06、Gm09、Gm07、Gm03上,并且均为甘氨酸QTL。分别对这些热点区间染色体进行基因注释,大豆氨基酸含量的候选基因位于热点重复区间,这些基因被收集在Phytozome网站上,利用基因注释数据库对推测的基因进行注释。【结论】本研究主要涉及到的氨基酸有甘氨酸（Gly）、半胱氨酸（Cys）、蛋氨酸（Met）、苏氨酸（Thr）、丙氨酸（Ala）、酪氨酸（Tyr）、色氨酸（Trp）、脯氨酸（Pro）、苯丙氨酸（Phe）、亮氨酸（Leu）,这些结果对解析这些氨基酸QTL的进化关系、基因注释和挖掘潜在的候选基因有重要作用。