PCR技术具有快速、简便、分辨率高的特点,并可进行多相分类鉴定,按种系进化关系精确定位和定种,使细菌分类鉴定方法更客观合理。目前越来越多的PCR相关技术被引入到口腔微生物的鉴定中。（1）多重PCR是设计多对引物在同一个PCR反应体系中进行扩增,同时产生几个不同的特异性区域片段。（2）随意引物PCR（AP-PCR）是在低严格度条件下,用一种任意序列的寡核苷酸引物对细菌DNA做PCR扩增。可在对基因组序列一无所知的前提下即可分析其DNA的多态性。（3）PCR-限制性片段长度多态性分析（RFLP）通过分析细菌基因组DNA上多态性位点及新酶切位点的产生或原酶切位点的消失引起的酶切片段长度变化比较细菌间的不同变化,是DNA指纹图谱中最有效的分型方法。（4）扩增片段长度多态性分析（AFLP）是通过PCR选择性地扩增整个基因组DNA的内切酶片段,电泳后产生一组特异的DNA限制性片段指纹图。（5）PCR-核酸探针是利用待检细菌特异的基因序列,带上探针标记米识别与之互补的特异性核苷酸序列。（6）定量PCR技术是利用PCR技术进行特异核酸定量分析。目前应用于细菌测定最广泛的是数量竞争性PCR。