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蛤仔是我国四大养殖贝类之一，为了阐明不同蛤仔壳色品系的遗传结构和差异，我们选用33对微卫星引物对自然群体中的9个壳色品系(两道白、两道红、白蛤、海洋橙、墨蛤、斑马蛤、波纹蛤、奶牛蛤、自然杂色)进行了遗传多样性分析，并对其等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)，观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)，品系间遗传距离(D)等参数进行了计算。结果表明具有优良经济性状的品系遗传距离相对较远，提示我们可以通过两个品系之间的杂交及后续选育，获得生长快抗逆性强的品系，进行多性状复合、定向聚合育种，为蛤仔新品种培育奠定基础。