四倍体变异既来自染色体数量、结构的变异以及基因突变、重组,同时也与核—质之间、合子胚与胚乳之间协调关系的变化有关.其变异率可以预料高于二倍体.纯合的四倍体是一个相对平衡的系统,继续选择将是无效地.四倍体的表型变异不同物种有一定差别,经常是有利性状与不利性状结合出现.四倍体育种应取利避害,运用综合技术,从解决最困难的问题入手,选择要求群体大、世代长,以选育综合品种比较实际.减数分裂四倍体由2x的2n配子和经选择的4x的正常配子融合产生,避免了化学诱变的不良影响,能够较好的实现双亲优良性状的互补,也比较容易稳定.四倍体可以直接育成稳定品种,也可以进行杂种优势的利用.利用多倍体作桥梁种有利于促进种或种群间的基因交流.三倍体可能表现出强的杂种优势,也可能产生无籽果实,但并不是所有物种都能直接利用三倍体育种.对四倍体种或二倍体种或人工四倍体的改良选择,利用双单倍体都具重要意义.利用多倍体选育二倍体品种,进行非倍性诱变育种是多倍体育种的重要组成部分.利用多倍体创造新种质,进行遗传研究也有重要价值.