目的：调查北京协和医院1999～2005年临床分离的真菌的种属分类和分布。 方法：录入北京协和医院1999～2005年临床分离的真菌,并进行数据统计和分析。 结果：1999～2005年临床送检真菌标本量从1727升高到8533例,菌株检测阳性数从554升高到2848株,阳性菌株数占送检标本比例为25.3％～41.5％。白念株菌占40％～60％,光滑念珠菌占7.7％～17.8％,热带念珠菌为9.5％～16.8％,克柔念珠菌为0.9％～4.4％,近平滑念珠菌为0.2％～1.3％。烟曲霉比例由1999年的2.7％升高到2005年的6.8％,黄曲霉比例由1999年的0.3％升高到2005年的3.6％。克柔念珠菌2002检出量为59株,在这几年中所占比例最高为4.4％。不同标本来源分离的菌株分布如下:血液标本分离的白念株菌占最多,依次为热带念珠菌,近平滑念珠菌,光滑念珠菌,新型隐球菌等,肺泡灌洗液标本分离的白念株菌最多,其次烟曲霉、青霉、光滑念珠菌和黄曲霉;尿、咽拭子、生殖道标本分离的自念株菌最多,其次为光滑念珠菌和热带念珠菌;脑脊液标本分离的新型隐球菌最多,其次白念株菌和热带念珠菌。血培养阳性菌株总计462(226)株。血中鉴定的真菌阳性标本患者例数从1999年的11例上升到2005年的106例。 结论：北京协和医院1999～2005年临床分离的真菌仍以白念株菌所占比例最大,其次热带念珠菌和光滑念珠菌,曲霉菌所占比例有所增高。不同标本分离的菌株所占比例不同。血源念珠菌感染危险因素有手术治疗,中心静脉插管,抗生素治疗等。