在新药发现的过程中，化合结构数据库作为先导化合物的主要来源，其本身所包含化合物的质量和安全性至关重要。本研究论文比较分析了目前临床药物与退市药物的化学结构特征及差别，并对目前尚处于临床和临床前研究阶段的化学药物进行了成药性质量的预测分析；进一步的，我们将现有药物按照口服、注射、皮肤吸收和其它四种类型进行了分类，并在此基础上进行了每一类药物物理化学性质的归纳总结与比较；结果进一步丰富和完善狭义的lipinski 规则，对于成药性的判断提供了更为严谨合准备的判据；通过比较药物库和毒性化合物库所包含分子的结构特征与差异，进一步总结归纳了做为体内可以接纳的药物分子所具有的性质；在上述化合物库特征研究的基础上，本论文研究工作建立了一个可药性安全性化合物数据库，可以作为今后进行药物筛选和先导化合物的首选。