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运用边界阻抗微扰法，导出了有损矩形波导传播常数的解析公式。该公式在高于截止频率区域与功率损耗方法给出的结果一致，并可适用于功率损耗方法不能覆盖的截止附近及以下频率区域。基于该解析公式，建立了分析平面波照射下壁损耗影响开孔矩形腔体电磁屏蔽效能的等效电路模型。并利用有限元软件Ansoft HFSS模拟验证了计算结果。计算结果表明，适当的壁损耗可以消除谐振频率附近的弱(负)屏蔽效应。研究结果对改善腔体屏蔽设计有指导意义。